Στις 26 Οκτωβρίου του 2009 άρχισαν μαθήματα στο Πανεκκλησιαστικό Τμήμα Μεταπτυχιακών και Διδακτορικών Σπουδών Άγιοι Iσαπόστολοι Κύριλλος και Μεθόδιος.

Οι πρώτες διαλέξεις δόθηκαν για όσους παρακολουθούν το πρόγραμμα μορφωτικής αναβάθμισης. Πριν την έναρξη των μαθημάτων οι φοιτητές χωρίστηκαν σε δυο ομάδες, ανάλογα από την ειδικότητα που επέλεξαν: η «Διαχείριση» ή οι «Εξωτερικές Εκκλησιαστικές Σχέσεις».

Στις 27 Οκτωβρίου άρχισαν μαθήματα στα πλαίσια του προγράμματος για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές. Στην πρώτη διάλεξη με το θέμα «Μεθοδολογία επιστημονικής και θεολογικής έρευνας», που δόθηκε από το ιερέα Αρσένιο Τσερνίκιν, αναλύθηκαν οι βασικές αρχές συγγραφής επιστημονικών και θεολογικών εργασιών στα Πανεπιστήμια της Αγγλίας. Επίσης μέσα στο πρόγραμμα των μεταπτυχιακών σπουδών  συμπεριλαμβάνονται μαθήματα ξένης γλώσσας, φιλοσοφίας, μεθοδολογίας της επιστήμης και άλλα.

Ο ακαδημαϊκός έτος στο Τμήμα Μεταπτυχιακών και Διδακτορικών Σπουδών διαιρείται σε τρίμηνα, πρώτο από τα οποία θα συνεχιστεί έως  18 Δεκεμβρίου. Μετά την ολοκλήρωση του κάθε τριμήνου οι φοιτητές και ακροατές θα εξετασθούν στα διδασκόμενα μαθήματα.