Στις 18 Σεπτεμβρίου 2012 οκοληρώθηκε η ποιμαντική επίσκεψη του Προκαθημένου της Ορθοδόξου Εκκλησίας της Ρωσίας προς την Ιαπωνία. Η επίσκεψη έγινε επ΄αφορμής της 100ης επετείου της κοιμήσεως του Αγίου και Ισαποστόλου Νικολάου Αρχιεπισκόπου Ιαπωνίας.

Στο αεροδρόμιο τον Αγιώτατο Πατριάρχη Κύριλλο προέπεμψαν ο Μητροπολίτης Τόκιο και πάσης Ιαπωνίας Δανιήλ, ο αρχιεπίσκοπος Σενταϊ Σαεραφείμ, κληρικοί της Αυτονόμου Ορθοδόξου Εκκλησίας της Ιαπωνίας, ο Προϊστάμενος του Μετοχίου της Ρωσικής Εκκλησίας στο Τόκιο πρωθιερέας Νικόλαος Κατσιουμπάν, ο Πρέσβης της Ρωσικής Ομοσπονδίας στην Ιαπωνία κ. Ε. Αφανάσγιεφ.

Ο Ρώσος Προκαθήμενος άρχισε την ποιμαντική του επίσκεψη προς την Αυτόνομη Ορθόδοξη Εκκλησία της Ιαπωνίας στις 14 Σεπτεμβρίου από το ταξίδι στο Χακοντάτε, απ΄όπου ξεκίνησε την ιεραποστολή του στις Ιαπωνικές νήσους ο Άγιος Νικόλαος.

Την επίσημη συνοδεία του Αγιωτάτου Πατριάρχου Μόσχας και Πασών των Ρωσιών Κύριλλο συγκροτούσαν: οι Μητροπολίτες Σαράνσκ και Μορδοβίας Βαρσανούφιος, Πρωτοσύγκελος του Πατριαρχείου Μόσχας, Βολοκολάμσκ Ιλαρίωνας, Πρόεδρος του Τμήματος Εξωτερικών Εκκλησιαστικών Σχέσεων του Πατριαρχείου Μόσχας, ο Αρχιεπίσκοπος Ρόβνο και Οστρόγκ Βαρθολομαίος, ο Επίσκοπος Σολνετσνογκόρσκ Σέργιος, Διευθυντής της Διοικητικής Γραμματείας του Πατριαρχείου Μόσχας, ο Αναπληρωτής Πρόεδρος του ΤΕΕΣ πρωθιερέας Νικόλαος Μπαλασώφ, ο Πρόεδρος του Συνοδικού Τμήματος Πληροφοριών κ. Β. Λεγκοΐντα, ο βοηθός του Προέδρου του ΤΕΕΣ πρωτοδιάκονος Βλαδίμηρος Ναζάρκιν, ο τελών χρέη Διευθυντού του Ιδιαίτερου Γραφείου του Πατριάρχου κ. Μ. Κούξωφ.

Από το αεροδρόμιο ο Προκαθήμενος της Ορθοδόξου Εκκλησίας της Ρωσίας μετέβη στον Ιερό Ναό της Αναστάσεως του Χριστού Χακοντάτε, τον πρώτο Ορθόδοξο Ναό στη χώρα Ανατέλλοντος Ηλίου, όπου τέλεσε δοξολογία προς τιμήν του Αγίου Νικολάου.

Αυθήμερον η Αυτού Αγιώτητα επισκέφθηκε τάφους των Ρώσων Αποδήμων στο νεκροταφείο ξένων στο Χακοντάτε, όπου τέλεσε Ιερό Τρισάγιο.

Στις 15 Σεπτεμβρίου ο Αγιώτατος Πατριάρχης Κύριλλος αφίχθη στην πόλη Σενταί στη νήσο Χονσού, όπου στον Καθεδρικό Ναό του Ευαγγελισμού τέλεσε δοξολογία προς τιμήν του Αγίου και Ισαποστόλου Νικολάου της Ιαπωνίας και παρέδωσε πιστοποιητικά για τη δωρεάν προμήθεια των εκκλησιαστικών ειδών στους Προϊσταμένους των σεισμοπλήκτων ενοριών της επαρχίας Σενταϊ.

Επίσης ο Πατριάρχης Κύριλλος προσευχήθηκε μπροστά στο μημείο των θυμάτων του περσινού τσουνάμι υπέρ αναπαύσεως των ψυχών των αδικοχαμένων ντόπιων κατοίκων και κατέθεσε λουλούδια.

Αυθήμερόν η Αυτού Αγιώτητα είχε συνάντηση με τη Δήμαρχο του Σενταϊ κα Αιμίκο Οκουγιάμα.

Την Κυριακή, στις 16 Σεπτεμβρίου 2012, ο Αγιώτατος Πατριάρχης Μόσχας και Πασών των Ρωσιών Κύριλλος προεξήρχε της Θείας Λειτουργίας στον Ιερό Καθεδρικό Ναό της Αναστάσεως του Χριστού Τόκιο συλλειτουργησάντων του Μητροπολίτου Τόκιο και πάσης Ιαπωνίας Δανιήλ και πλειάδος Ιεραρχών.

Ακόμα ο Πατριάρχης Κύριλλος απένειμε νέο παράσημο του Αγίου Νικολάου Αρχιεπισκόπου Ιαπωνίας στο Μητροπολίτη Δανιήλ, τον Αρχιεπίσκοπο Σεραφείμ, τους κληρικούς και λαϊκούς, οι οποίοι δεκρίθησαν στο χώρο της ιεραποστολής.  Στο νεκροταφείο Γιανάκα στο Τόκιο μπροστά στον τάφο του Αγίου και Ισαποστόλου Νικολάου Ιαπωνίας ο Ρώσος Προκαθήμενος τέλεσε δοξολογία προς τιμήν του Αγίου και εν συνεχείᾳ Ιερό Τρισάγιο υπέρ της αναπαύσεως των κεκοιμημένων Ιεραρχών της Ορθοδόξου Εκκλησίας, οι οποίοι υπηρέτησαν στην Ιαπωνία και ετάφησαν εντεύθεν.

Ο Ρώσος Προκαθήμενος επίσης επισκέφθηκε το Μετόχιο της Ρωσικής Εκκλησίας στο Τόκιο και στις 16 Σεπτεμβρίου συμμετείχε στην παρουσίαση της Ιαπωνικής μεταφράσεως του πονήματός του «Ελευθερία και ευθύνη» καθώς και του βιβλίου «Και ο αιώνιος αγώνας…». Ολόκληρος ο αριθμός των αντιτύπων της εκδόσεως προσφέρθη στην Αυτόνομη Ορθόδοξη Εκκλησία της Ιαπωνίας και μετά την πούλησή της τα μέσα θα διατεθούν για την αναστήλωση των σεισμοπλήκτων Ορθοδόξων Ιερών Ναών.

Το απόγευμα στο ξενοδοχείο «Οκούρα» προς τιμήν του Αγιωτάτου Πατριάρχου Κυρίλλου παρετέθη δεξίωση εκ μέρους της Αυτόνομης Ορθόδοξης Εκκλησίας της Ιαπωνίας.

Την τελευταία ημέρα της επισκέψεως, στις 18 Σεπτεμβρίου 2012, ο Αγιώτατος Πατριάρχης Μόσχας και Πασών των Ρωσιών Κύριλλος πραγματοποίησε συνάντηση με τον Ρώσο Πρέσβη στην Ιαπωνία κ. Ε. Αφανάσγιεφ, τον Πρωθυπουργό της Ιαπωνίας κ. Γιοσιχίκο Νόντα και τον Αυτοκράτορα της Ιαπωνίας Ακιχίτο.

Στο τέλος στο ξενοδοχείο «New Otani»ο Αγιώτατος Πατριάρχης Κύριλλος απάντησε στις ερωτήσεις των δημοσιογράφων για τα αποτελέσματα της επισκέψεως.